Jabatan Bendahari ditubuhkan selari dengan penubuhan UKM iaitu pada 17 Mei 1970. Bermula di kampus sementara Jalan Pantai Baru, Kuala Lumpur, berpindah ke Bangi, Selangor pada tahun 1978 apabila Universiti Kebangsaan Malaysia berpindah ke kampus tetapnya. Setelah lebih 30 tahun kewujudannya, seramai 5 orang Bendahari telah dilantik menerajui pentadbirannya iaitu:

1. Megat Abdul Rahman bin Megat Ahmad (1970-1973)
2. Ashaari bin Ayub (1973-1974)
3. Ishak bin Imam Abas (1974-1978)
4. Omar bin Ahmad (1978-1999)
5. Mohd Abd Rashid bin Mohd Fadzil (1999- sekarang)