CODA – Bioinformatik

Analisis bioinformatik akan membantu pengguna menggunakan data mereka berdasarkan keperluan masing-masing. Antara servis yang ditawarkan adalah seperti analisis penjujukan, peramalan struktur protein, interaksi protein-protein (IPP), analisis jaringan gen dan juga pembangunan pangkalan data biologi menggunakan pelbagai data omiks.

  1. Analisis jujukan protein/ nukleotida 

Dalam analisis ini, data bibliomik digunakan daripada artikel saintifik dan pangkalan data yang lain beserta dengan data eksperimen yang diberikan pelanggan. Peramalan fiizikokimia dan analisis profil bagi jujuka protein dan nukleotida akan dijalankan menggunakan beberapa alatan bioinformatik seperti ProtParam, InterProScan, Pfam dan SMART. Tapak glikosilasi dan fosforilasi akan turut diramal menggunakan NetNGlyc dan NetPhos. Pencarian persamaan jujukan akan dijalankan dengan menggunakan program blast yang bersesuaian. Seterusnya, beberapa jujukan akan dipilih daripada analisis persamaan jujukan berbilang bagi penjujukan persamaan berbilang bagi mengenalpasti kawasan terpulihara bagi sesuatu protein yang dikaji. Analisis filogenetik akan seterusnya dijalankan bagi mempelajari hubungan evolusi di antara jujukan-jujukan protein yang dikaji. 

Carta alir analisis jujukan. Terdapat empat proses yang bermula dengan perlombingan data yang diikuti peramalan fizikokima dan analisis profil, pencarian persamaan jujukan, persamaan jujukan berbilang dan diikuti dengan analisis filogenetik.
  1. Bioinformatik struktur

Kaedah yang pertama dalam bioinformatik struktur ialah analisis jujukan protein/ nukleotida bagi menganotasi dan mengenalpasti jujukan protein yang dikaji. Seterusnya, peramalan struktur seperti struktur sekunder, heliks transmembrane dan ikatan dwisulfida akan dijalankan menggunakan alatan bioinformatik seperti PSIPRED, TMHMM dan DISULFIND. Struktur 3D protein akan dibina menggunakan alatan yang bersesuaian seperti I-TASSER, Phyre atau SWISS-MODEL. Struktur 3D protein yang dihasilkan akan kemudiannya dinilai menggunakan alatan bioinformatik seperti PROCHECK, VERIFY3D dan ERRAT2.

Carta alir bioinformatik struktur. Dalam carta alir ini analisis bermula dengan analisis jujukan bagi mengetahui ciri-ciri bagi protein yang dikaji. Kemudian, ciri-ciri struktur protein seperti struktur sekunder, transmembran heliks dan ikatan dwisulfida dikenalpasti. Peramalan struktur 3D kemudiannya dibina dan disahsahih menggunakan alatan bioinformatik yang disenaraikan di atas.
  1. Analisis jaringan biologi

Data bibliomik yang diperolehi daripada artikel saintifik dan data eksperimen digunakan bagi membina interaksi protein-protein (IPP) dan jaringan biologi. Terdapat beberapa pangkalan data jaringan biologi seperti GeneMANIA, ATTED, STRING, KEGG dan Reactome yang boleh digunakan. Kesemua jaringan ini boleh divisualisasikan menggunakan Cytoscape dan juga alatan bioinformatik yang lain seperti Vanted dan Gephi. Jaringan biologi dan IPP yang dibina akan dianalisa bagi pemerkayaan Gene Ontology (GO) dan analisis topologi menggunakan alatan yang terdapat di dalam Cytoscape.

Carta alir analisis jaringan biologi. Carta alir ini bermula dengan data yang diperolehi daripada sama ada artikel saintifik dan data eksperimen. Jaringan biologi akan dibina dan divisualisasi menggunakan alatan yang bersesuaian yang dimasukkan di dalam carta alir di atas. 
  1. Pembangunan pangkalan data 

Pengenalpastian keperluan pelaggan 

Pelanggan perlu menyenaraikan kesemua maklumat yang ingin dimasukkan ke dalam pangkalan data. Sekiranya pelanggan tidak mempunyai reka bentuk bagi pangkalan data tersebut, kami akan membantu dan merekabentuk pangkalan data yang bersesuaian dengan kehendak mereka berdasarkan pangkalan data yang telah kami bangunkan. Pangkalan data kami mempunyai beberapa maklumat sepertiL 

  1. Maklumat pangkalan data 
  2. Fungsi pencarian 
  3. Fungsi Browse
  4. Dashboard/ statistik
  5. Pelarasan halaman dalam antara muka pangkalan data
  6. Memasukkan mobile site yang bersesuain
  7. Reka bentuk dan tema yang bersesuaian

Pembangunan skema dan antara muka pangkalan data 

Dengan menggunakan data daripada pelanggan, kami akan mengenalpasti entity dan hubungan daripada data yang diberikan. Kami menerima data dalam bentuk file excel dan csv. Skema bagi pangkalan data menunjukkan antara muka yang akan dihasilkan bagi pangkalan data yang akan dibina. Pangkalan data normalisasi akan dijalankan ke atas deraf skema bagi menghasilkan skema pangkalan data yang terakhir. Pangkalan data akan dibina menggunakan MySql dan antaramuka pangkalan data dibina menggunakan Laravel PHP Framework dan Bootstrap Frontend. Kod yang dihasilkan bersifat modular di mana setiap perincian bagi pangkalan data akan mempunyai kod dan diberikan kepada pelanggan bagi pembangunanan pangkalan data tersebut yang akan datang.  

Carta alir bagi pembangunan pangkalan data. Pelanggan perlu menyatakan senarai kandungan yang ingin dimasukkan ke dalam pangkalan data yang ingin dibina. Pengguna tidak perlu mereka bentuk pangkalan data ini, kami akan mencadangkan antara muka yang bersesuaian dengan data dan kandungan yang ingin dimasukkan.

APA YANG KAMI TAWARKAN

Kami menawarkan perundingan dan perkhidmatan bioinformatik yang disesuaikan dengan keperluan projek dan data yang ada. Garis panduan mengenai anggaran harga seperti di bawah. Kami juga terbuka untuk permintaan analisis bioinformatik lain daripada yang disenaraikan. Hubungi kami untuk sebarang pertanyaan lanjut.

Gambaran keseluruhan perkhidmatan

Analisis data dan bioinformatik– Analisis jujukan protein/ nukleotida
– Analisis struktur protein
– Analisis jaringan dan IPP
– Pembangunan pangkalan data

PERINCIAN HARGA

JENIS ANALISISCAJ
Analisis jujukan RM 200 per 1000 jujukan
Analisis struktur proteinRM 150 per protein
​Analisis tapak jalan biologi RM 500 per 1000 jujukan
​Pembangunan pangkalan dataSkim pangkalan data
– bermula daripada RM 5,000 pangkalan data SQL
Pangkalan data (data dalam phpMyAdmin)
– bermula daripada RM 2,000 (sehingga 10 entiti)
Antara muka pengguna pangkalan data
(PHP controller & frontend)

– bermula daripada RM 8,000 (sehingga 10 entiti)
Penyelenggaraan dan pelayan pengkalan data
– bermula daripada RM 2,000 (per tahun)
Migrasi pangkalan data – RM 2,000
#Tidak termasuk servis analitikal alatan, bergantung kepada perubahan mengikut kehendak pelanggan.

PENCAPAIAN

PEGAWAI BERTANGGUNGJAWAB

Dr. Nor Azlan Nor Muhammad

Ketua CBR / Felo Penyelidik

+603 8921 4550

norazlannm@ukm.edu.my

Bioinformatik dan Perkomputeran Biologi Sistem

Dr. Sarahani Harun

Penyelaras CODA / Felo Penyelidik

sarahani@ukm.edu.my

Bioinformatik dan Biologi Molekul