Sejarah Fakulti Ekonomi dan Pengurusan UKM dirintis dengan tertubuhnya Jabatan Ekonomi dan Perdagangan di bawah Fakulti Sastera pada tahun 1970, seusia dengan penubuhan Universiti Kebangsaan Malaysia yang ditubuhkan bagi memenuhi aspirasi rakyat dalam mendaulatkan Bahasa Melayu sebagai Bahasa pengantar dalam semua bidang pengajian dan keilmuan.

Taraf Jabatan Ekonomi dan Perdagangan kemudiannya telah dinaikkan ke peringkat fakulti yang dinamakan Fakulti Ekonomi dan Pengurusan pada tahun 1974.

Perkembangan ilmu ekonomi dan perniagaan serta permintaan pasaran gunatenaga semakin meningkat telah melahirkan idea untuk memisahkan fakulti ini kepada dua buah fakulti yang berasingan iaitu Fakulti Ekonomi dan Fakulti Pengurusan Perniagaan pada tahun 1979.

Pada 1 April 2004, Fakulti Ekonomi dan Perniagaan telah ditubuhkan iaitu gabungan antara Fakulti Ekonomi dengan Fakulti Pengurusan Perniagaan. Pemilihan nama Fakulti Ekonomi dan Perniagaan membayangkan disiplin utama ilmu dalam bidang ekonomi, pengurusan perniagaan dan perakaunan serta mencerminkan kesepaduan ilmu yang mempunyai epistemologi sepunya. Fakulti Ekonomi dan Perniagaan ini mempunyai empat pusat pengajian iaitu Pusat Pengajian Ekonomi, Pusat Pengajian Pengurusan Perniagaan, Pusat Pengajian Perakaunan dan Pusat Pengajian Siswazah Perniagaan.

Seterusnya, pada Ogos 2010, Lembaga Pengarah Universiti telah meluluskan nama baru Fakulti Ekonomi dan Perniagaan kepada Fakulti Ekonomi dan Pengurusan, manakala Pusat Pengajian Pengurusan Perniagaan ditukar kepada Pusat Pengajian Pengurusan.

Terkini, Fakulti Ekonomi dan Pengurusan telah distrukturkan semula pada Julai 2018 dengan mewujudkan portfolio penolong-penolong dekan dan pusat-pusat penyelidikan yang baharu bagi menggantikan pusat pengajian iaitu Pusat Kajian Pembangunan Inklusif dan Lestari (SID), Pusat Kajian Keutuhan Tadbir Urus dan Akauntabiliti (GRACE), Pusat Kajian Perniagaan Global dan Ekonomi Digital (GLoBDE) dan Pusat Kajian Penciptaan Nilai dan Kesejahteraan Insan (INSAN).