Nadwah Ulama Nusantara telah dianjurkan pada 19-20 Mei 2001 secara bersama oleh Fakulti Pengajian Islam, Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM) Bangi dan Kolej Pengajian Islam, Prince of Songkla University (Kampus Pattani), Thailand dengan kerjasama Persatuan Kakitangan Akademik Universiti Kebangsaan Malaysia (PKAUKM) dan Majlis Agama Islam Wilayah Pattani, Thailand bertempat di  Kolej Pengajian Islam, Prince of Songkla University (PSU), Kampus Pattani, Thailand menerusi tema “Nadwah Ulama Nusantara (NUN) I: Peranan dan Sumbangan Ulama Pattani”.

Dalam siri seterusnya, “Nadwah Ulama Nusantara (NUN) II: diadakan pada 14-15 Julai 2003 di Kuching, Sarawak, telah memberikan tumpuan kepada peranan dan sumbangan tokoh-tokoh agama di Borneo, khususnya para ulama Sarawak, Sabah, Kalimantan dan juga Brunei. Siri ketiga, Fakulti Pengajian Islam UKM menagnjurkan NUN secara bersama dengan Majlis Agama Islam Pulau Pinang pada 15-17 April 2005.

Pada siri keempat, Jabatan Pengajian Arab dan Tamadun Islam, Fakulti Pengajian Islam, UKM berjaya penganjurkan “Nadwah Ulama Nusantara IV: Ulama Pemacu Tranformasi Negara” di Kota Bharu bagi meneruskan agenda mengetengahkan ketokohan ulama di persada masyarakat. Fokus NUN IV adalah kepada peranan dan sumbangan ulama Melayu dalam pembinaan negara bangsa.

Legasi kecemerlangan Nadwah Ulama Nusantara diteruskan lagi pada tahun 2013, apabila buat julung kalinya NUN V berjaya dianjurkan di tempat asal idea penganjuran NUN dicetuskan, iaitu Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM). Penganjuran kali ini berlangsung pada 9 September 2013.

Siri penganjuran NUN ke VI pula dibuat bersama kerajaan Negeri Sembilan dengan melihat sumbangan dan peranan ulama dalam perkembangan sistem pemerintahan di Tanah Melayu khususnya Negeri Sembilan. Ia bertujuan untuk menganalisis gandingan antara ulama dan umara dalam sejarah pemerintahan di Tanah Melayu selain menonjolkan tokoh-tokoh Melayu yang bersifat pemerintah dan ulama dalam lipatan sejarah. Pada siri ke VII Nadwah dianjurkan secara bersama dengan Institut Wasatiyyah Malaysia (IWM) pada 8-9 Ogos 2017 di Bilik Senat, Universiti Kebangsaan Malaysia. Pada Kali ke VIII, NUN diadakan di Kuching, Sarawak dengan anjuran bersama Majlis Agama Islam Sarawak (MIS) yang dirasmikan oleh YAB Ketua Menteri Sarawak.

NUN kali ke-IX pula diadakan secara bersama dengan Lembaga Zakat Negeri Kedah dan Yayasan Islam Negeri Kedah. Selain prosiding, sebuah buku ISLAM DI KEDAH berjaya dihasilkan daripada nadwah tersebut.

NUN kali ke-X dicadangkan untuk diadakan secara bersama UKM dan INSPIRE, UniSZA. Nadwah yang bertemakan “Keintelektualan Ulama dan Peradaban Melayu-Islam” ini dilihat mengetengahkan skop perbahasan yang lebih luas bagi memberi ruang dan peluang kepada para pelajar, pengkaji dan pencinta sejarah tanahair berkongsi pandangan dan pemikiran mereka dalam nadwah ini. Nadwah kali ini juga meletakkan aspek sejarah perkembangan Islam di Terengganu sebagai salah satu tema utama yang signifikan dengan penganjuran kali ini di Bumi Darul Iman.