Jabatan Farmasi telah ditubuhkan secara rasmi pada tahun 1994 untuk memulakan program Sarjana Muda Farmasi atas desakan daripada Kementerian Kesihatan dan industri farmaseutikal untuk menampung kekurangan bilangan profesional dalam sains farmaseutikal khususnya ahli farmasi. Pada permulaan, Jabatan Farmasi diletakkan di bawah Fakulti Sains Kesihatan Bersekutu (FSKB). Kumpulan pelajar pertama seramai 21 orang telah memulakan pengajian mereka pada tahun 1995.

Dalam tempoh 10 tahun yang pertama, Jabatan Farmasi telah berkembang dengan begitu pesat dan Jabatan Farmasi yang pada permulaannya terletak di Taman Tasik Titiwangsa telah dipindahkan ke Kampus Kuala Lumpur di Jalan Raja Muda Abd. Aziz pada tahun 1998.

Selama lebih 14 tahun berada di bawah FSKB, Jabatan Farmasi menawarkan program pengajian Ijazah Sarjana Muda Farmasi dengan Kepujian, Sarjana Farmasi Klinikal, Sarjana Sains Kesihatan dan Doktor Falsafah. Memandangkan kemantangan dan kemampuan Jabatan Farmasi dan status program farmasi sebagai sebuah program profesional, UKM telah membuat keputusan untuk menaiktaraf Jabatan Farmasi kepada Fakulti Farmasi.

Fakulti Farmasi telah ditubuhkan secara rasmi pada 1 Jun 2008. Fakulti Farmasi bersedia untuk memenuhi keperluan negara iaitu melahirkan ahli farmasi yang kompetitif, berkualiti dan profesional untuk berkhidmat di sektor awam dan swasta. Kerjaya farmasi merupakan kerjaya yang dianggap kritikal oleh Kementerian Kesihatan Malaysia dan Kementerian Pengajian Tinggi Malaysia.

Fakulti Farmasi bukan saja terlibat dalam pengajaran tetapi juga dalam penyelidikan, perkhidmatan farmasi dan perundingan. Fakulti Farmasi juga bekerja rapat dengan fakulti/institusi lain di dalam dan luar negara. Ketika ini Fakulti Farmasi menjalankan semua aktiviti utamanya di Kampus Kuala Lumpur (Blok B dan Blok P) dan di Pusat Perubatan Universiti Kebangsaan Malaysia (PPUKM) yang terletak di Bandar Tun razak, Cheras.