UMBI Network Biology Workshop 2023

UMBI NETWORK BIOLOGY WORKSHOP 2023

Ditulis oleh: Dr. Muhammad Redha Abdullah Zawawi, Mira Farzana Mohamad Mokhtar, Nur Alyaa Afifah Md Shahri & Nurul Amirah Zamri

Tarikh: 18 – 19 Januari 2023

INSTITUT BIOLOGI MOLEKUL PERUBATAN UKM (UMBI)

Pada 18 – 19 Januari 2023 yang lalu, Unit Bioinfomatik Institut Biologi Molekul Perubatan UKM (UMBI) telah berjaya menganjurkan satu bengkel yang bertajuk Jaringan Biology – Aplikasi Ke Arah Penyelidikan Perubatan (Network Biology – Applications Towards Medical Research). Bengkel ini telah berlangsung secara fizikal yang bertempat di Makmal Bioinformatik, UMBI dan telah dihadiri seramai lapan orang peserta yang terdiri daripada ahli akademik dan penyelidik dari Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM), Universiti Sains Malaysia (USM) dan Universiti MAHSA, serta industri iaitu Felda Global Ventures (FGV) Holdings Sdn Bhd.

Tujuan siri pertama bengkel ini diadakan adalah bagi memperkenalkan latar belakang dan aplikasi jaringan biologi di dalam penyelidikan perubatan dalam memahami etiologi penyakit tertentu seperti kanser, diabetis dan lain-lain. Jaringan biologi telah muncul sebagai tema utama dalam biologi dan penyakit bagi tujuan mengkaji gen diagnostik dan prognostik daripada data raya omiks penyakit yang ada. Berikutan kajian jaringan biologi yang semakin meningkat, banyak pangkalan data dan alatan terkini telah dibangunkan bagi menyimpan dan menganalisa data raya interaksi antara pelbagai jenis biomolekul seperti, protein-protein, mRNA-mRNA atau miRNA-mRNA. Oleh itu, bengkel ini telah dijalankan dengan menawarkan latihan praktikal yang ekstensif kepada peserta bermula dari analisis pembinaan jaringan sehingga pentaksiran fungsi biomolekul jaringan.

Bengkel ini turut menjemput Professor Dr Zeti Azura Mohamed Hussein dari Jabatan Fizik Fakulti Sains dan Teknologi UKM selaku penceramah jemputan dan pakar bidang Bioinformatik dan Pengkomputeran Biologi Sistem. Prof Dr Zeti Azura telah membuka bengkel jaringan biologi ini dengan memberikan ceramah pertama beliau mengenai Pengenalan Terhadap Data Raya Biologi dan Jaringan Biology (Introduction To Big Data Biology & Network Biology), dan diikuti dengan ceramah kedua yang bertajuk Memahami Penyakit Melalui Jaringan Biologi (Jaringan Perubatan)(Understanding Diseases via Network Biology (Network Medicine)). Kedua-dua ceramah tersebut telah memberikan pengenalan yang menarik mengenai perkembangan dalam sains pengkomputeran dan juga penggunaan data raya dalam meneroka sains jaringan dalam meneliti penyebab kepada penyakit manusia pada peringkat biomolekul. Berikutan pengenalan utama tersebut, Dr. Muhammad Redha Abdullah Zawawi, Felo Penyelidik Unit Bioinformatik telah mengetuai perbincangan mengenai Aplikasi Perisian Cytoscape dan R dalam Pembinaan Jaringan Biologi dan memulakan latihan praktikal dengan berpandukan modul dan skrip R yang telah disediakan.

Sepanjang sesi praktikal berjalan, peserta berpeluang untuk membina jaringan biologi menggunakan perisian Cytoscape dengan mengimport masuk fail jaringan dari pelbagai jenis format fail dan mendapatkan semula data jaringan daripada pangkalan data umum. Para peserta turut diberikan latihan tentang langkah-langkah pengayaan kefungsian dan pengelompokan jaringan, serta cara membina jaringan asosiasi antara gen/varian dengan penyakit dan juga jaringan pengawalatur gen. Bagi hari kedua, peserta telah didedahkan mengenai cara penggunaan R dalam memproses data mentah mikroatur bermula dari penormalan data Affymetriks dari fail CEL, menambah anotasi gen pada output pengekspresan ternormal sehingga pencarian gen terekspres berbeza (DEG) dan pembinaan jaringan pengekspresan bersama gen bermodul.

Secara rumusannya, bengkel jaringan biologi ini telah berjaya diadakan dengan jayanya dan turut menerima maklum balas yang positif daripada kesemua peserta yang hadir. Ucapan setinggi-tinggi penghargaan kepada semua ahli jawatankuasa yang telah berkerja keras dalam memastikan bengkel jaringan biologi ini dapat berjalan dengan lancar. Pihak UMBI juga berharap agar lebih banyak penganjuran bengkel bioinformatik dapat dijalankan pada masa yang akan datang bagi meletakkan UMBI sebagai salah satu hab utama penyelidikan bioinformatik dan pengkomputeran biologi sistem bagi perubatan jitu di Malaysia.

Untuk maklumat lanjut berkenaan Workshop on Network Biology – Applications Towards Medical Research sila klik: https://www.ukm.my/umbi/network-biology-workshop/

Workshop Photo : UMBI NETWORK BIOLOGY WORKSHOP 2023