Fakulti Pengajian Islam telah ditubuhkan pada 18 Mei 1970 bersama-sama dengan penubuhan Universiti Kebangsaan Malaysia. Fakulti ini adalah salah sebuah fakulti yang mula-mula ditubuhkan di Universiti Kebangsaan Malaysia di samping dua fakulti lain pada masa itu iaitu Fakulti Sastera dan Fakulti Sains. Namun teras bagi fakulti ini telah wujud iaitu bermula dengan penubuhan Kolej Islam Malaya di Klang pada tahun 1955. Penubuhan fakulti ini merupakan kesinambungan visi dan perjuangan segolongan cendekiawan Melayu yang mahu melihat sebuah institusi pengajian tinggi Islam di Malaysia terbina.

Pada tahun 1968, Kementerian Pelajaran telah bersetuju untuk menaikkan taraf Kolej Islam Malaya ke taraf Universiti Kolej. Pada masa yang sama, tuntutan menubuhkan sebuah universiti yang menggunakan bahasa Melayu oleh pejuang-pejuang kebangsaan mencapai kemuncak. Pada tahun 1970, perjuangan tersebut menjadi kenyataan apabila kerajaan mengisytiharkan penubuhan Universiti Kebangsaan Malaysia dengan Fakulti Pengajian Islam sebagai sebuah fakulti di dalamnya.