Jabatan Pendaftar merupakan satu jabatan yang diwujudkan sejak penubuhan UKM yang bertanggungjawab dalam menguruskan sumber manusia, akademik pelajar, kemudahan am dan keselamatan Universiti. Pada tahun 2011, Jabatan Pendaftar telah menstrukturkan semula bahagian dan unit di bawahnya mengikut fungsi dan tanggungjawab untuk meningkatkan kualiti perkhidmatan dan sistem penyampaian. Kini, Jabatan Pendaftar terbahagi kepada empat (4) bahagian iaitu Pejabat Pendaftar, Bahagian Sumber Manusia, Bahagian Pentadbiran dan Kemudahan dan Bahagian Keselamatan. Jabatan Pendaftar telah diketuai oleh sebelas orang Pendaftar sejak penubuhannya pada tahun 1970.